1. 原作タグ使用を止めて刀剣乱夢・刀剣乱腐・創剣乱舞のどれかに付け替える
2. 適切な作品傾向タグをつける
3. 必要な注意書きを設ける
4. 読者に対して不適切なタグ使用を諌める
5. 読者に対してコメント欄での原作キャラクター叩きを諌める
6. 刀剣乱舞○○usersタグがつけられた場合ははずし、刀剣乱夢・刀剣乱腐・創剣乱舞用のusersタグを使用するように呼びかける

この６つをするだけで大丈夫です。

2番と3番だけ少し複雑なので解説します。まずはタグから。

• ブラック本丸はブラックな審神者が現在いる本丸で使用するタグなので、主人公が元ブラック本丸を引き継ぐことになった場合には元ブラック本丸タグをつける
• 刀剣男士がブラックな場合(暴力を振るう、性的暴行を加える等)はブラック本丸タグではなくブラック男士タグを使う
• 本丸を乗っ取られるもしくは本丸を乗っ取る作品には本丸乗っ取りタグを使い、タイトル・キャプション・タグにNTRを使わない
  
• 刀剣との恋愛描写がある場合には肉体関係を基準にして刀×主タグ・主×刀タグを使う
• 刀×主タグを使用する場合にはカップリングタグも使う→刀×主のカップリングタグ一覧
• 主×刀タグを使用する場合にはカップリングタグも使う→主×刀のカップリングタグ一覧
• 自分の作品ではオリキャラが中心で刀剣男士が脇役になっている、もしくは刀剣男士が脇役になっているために読者に不愉快な思いをさせるかもしれないと感じた場合にはヘイト創作タグではなく作品傾向を示す住み分けタグ(こちらで10/9まで審議中/現時点では審神者乱舞が優勢)をつける

注意書きに関しては、

• 作品がどんな傾向のものか客観的に説明する
• 特殊嗜好を含む場合、それがどんな特殊嗜好であるかも含めた具体的な注意書きを設ける（「何でも許せる人向け」は注意書きには当たらない）
• 上記を面倒くさい、やりたくないと感じる作者はマイピク限定にするか自分でホームページを作ってそちらで公開するか、閲覧者から苦情を言われても文句を言わない
  

これだけです。これはPixivを使用する上で誰もが守らなければならないマナーです。マナー違反をしても構いませんが、その場合は苦情を言われるのは当然のものだと認識してください。